一、制作原理不同
原子印章，屬于現代高科技產品。它是將印油儲存在印章內芯里，再把內芯做出印面型狀，每次蓋印印油從內芯滲出，不必每次蓋印都需要在印臺上打上印油，提高了辦公生產的效率。
橡膠章又稱膠章，指利用滴塑工藝，在模具中滴入液體材料，經一段時間的加熱、烘烤、冷卻，倒模制成的塑膠產品。用作服裝、鞋帽等物品的輔料及裝飾；用于鑰匙圈、手機掛件等。刻章城市
二、主要用途不同
原子印章字跡清晰，印油均勻、鮮艷；其防偽性強，不易為一般工具制做；原子印章是印章、印油混為一體，使用方便，蓋印迅速快捷，故被列為我國推廣使用新產品，許多省市政府都行文規定各機關、團體、工廠、企業必須統一使用原子印章。
橡膠章既容易發生磨損，也容易被磕碰掉，即它所蓋的歷時性印文中，磨損和磕碰特征都反映得比較充分，既可以看見文字線條逐漸變粗，邊角逐漸變鈍，也可以看見文字線條凹陷、缺損這樣的磕碰現象。由于材料具有熱脹冷縮的特性而易產生誤差，不適用于銀行印鑒印章 深圳刻章
三、材質特性不同
原子印章亦稱萬次印章，屬于現代高科技產品。由印柄和印面兩部分組成。印柄是由手柄、彈簧、活動內芯、外框組成。原子印章印章面是利用具有微孔結構的海綿體特殊材料制成，浸印油后常浸潤在印柄內芯，原子印章印面略低于外框。
橡膠印章內部結構均勻，無吸水性，其易老化程度介于原子印章與塑料印章之間，而相對塑料、牛角印章來說卻易老化而產生印文尺寸的變化。同時由于橡膠質地柔軟，彈性較大，蓋印壓力大小和襯墊物軟硬對它們印文形態、外徑影響也較大。
擴展資料：
原子印章特點：
原子印章亦稱萬次印章，屬于現代高科技產品。由印柄和印面兩部分組成。印柄是由手柄、彈簧、活動內芯、外框組成。原子印章印章面是利用具有微孔結構的海綿體特殊材料制成，浸印油后常浸潤在印柄內芯，原子印章印面略低于外框。上海刻章
原子印章的特點：字跡清晰，印油均勻鮮艷；原子印章防偽性強，原子印章印油混為一體，使用方便，蓋印迅速快捷，故被列為我國推廣使用新產品，原子印章是各機關、團體、工廠、企業廣泛使用的印章產品。
印墊：即印章的儲墨材料，印墊的儲墨性能好壞及印墊的疏密程度，決定著印跡的清晰和印油是否回滲、散漏。一般進口墊比國產墊或復合墊性能好，價格高。進口墊可使用二三萬次才可能出現受損現象。而進口墊儲墨后就不可再加油或加油后效果更差，蓋印一萬次左右就要報廢。
印油：印油應從印色的色澤和粘綢度判決好壞。一般進口油印色色澤鮮艷、亮麗、色均油實，蓋印出來的印跡奪目耀眼、不滲油跡、遇水不散、不褪色。而國產油色澤暗啞、色散油淡、遇水色散、褪跡，不久后會漏出油跡。
印殼：印殼是否有印色深淺（或保護檔）調節功能還要看手柄主軸按壓的平衡性和操控的手感。這幾方面都對印章的壽命和使用效果起到很大的作用，一般國產印殼都不具備以上功能。