涉密文件的管理涵蓋了從產生到銷毀的全過程，每個環節都至關重要，必須嚴格遵守相關規定，確保國家秘密的。
起草環節
起草涉密文件時，起草人作為定密承辦人，應當承擔起定密和保密責任。要明確定密范圍，熟知本機關、本單位的“定密事項一覽表”，對于列入定密范圍的事項，從起草之初就按涉密事項管理。對于起草過程較長或無法正常履行定密程序的涉密事項，機關、單位定密責任人可在起草前口頭宣布預定密級，并對承辦人提出明確保密要求。起草過程中形成的中間材料，如草稿、廢稿、討論稿等，承辦人員都應妥善保管，不需要保存的，應及時銷毀，不能隨意丟棄。密件起草完成后，在送印前，要按定密程序正式履行定密手續，并做出國家秘密標志。
制作環節
涉密文件的制作應當在保密的場所進行。如果是個人在辦公室自行錄入、打印等，工作時應避開無關人員，制作完成后及時清理現場和整理歸檔。送機關文印室制作的，要向文印人員聲明并提出保密要求。若機關內部制作條件不具備，確需送外部制作的，必須送至保密行政管理部門審查批準的具有涉密載體印制資質的單位印制，并與承制單位簽訂保密協議。制作涉密文件應當使用涉密計算機和涉密移動存儲介質，制作人員應當是符合條件并通過保密審查的涉密人員。制作完成的涉密文件，應當標明密級、保密期限、發放范圍、制作數量及編號等信息，嚴格按照批準的數量執行，不得多制、私留。制作過程中產生的廢料等材料，應妥善保管或及時銷毀。
收發環節
涉密文件的收發應當由專職的涉密人員負責。分發時，要嚴格按照限定的接觸范圍填寫密件分發表，注明不同單位所發密件的序號，填寫發文通知單并隨同密件一起裝袋密封。準備郵遞的，要填寫好簽收清單。分發時要仔細核對發送單位、數量、文號等信息，確保無誤。簽收時，要嚴格進行清點，確認密封完好無損，簽收單登記與密件相符，密件發送單位、數量、內容準確無誤后，方能履行簽收手續。密件應由機要保密人員或專門人員拆封，標有專人親啟字樣的，應交由指定人員拆封。
傳遞環節
涉密文件應當通過機要交通、機要通信或者其他符合國家保密規定的方式進行傳遞。本地密件傳遞可專人專車傳遞或通過機要文件交換站進行交換，承擔自行投遞任務的人員不得攜帶密件進入無關場所或辦理其他無關事項。外地密件傳遞要通過機要交通、機要通信部門傳遞。涉密會議文件原則上應在會后收回，另行發送，確需與會人員帶回的，應填發會議文件通知單，要求各單位及時收取，個人不得私自留存。禁止通過普通郵政、快遞等無保密措施的渠道傳遞密件，禁止委托無關人員捎帶密件。對于絕密級文件的傳遞，要求更為嚴格，本地傳遞實行專車二人護送，外地傳遞要包裝密封，使用防透視材料制作的信封，并在封口及中縫處加蓋密封章或加貼密封條。
使用環節
涉密文件的使用要嚴格限定知悉范圍，對知悉和使用絕密級、機密級國家秘密的人員，應當作出書面記錄。送閱時，經管人員接收密件后應填寫閱辦單，送主要領導或主管領導閱辦，除特殊情況外，密件應在辦公室或閱文室閱辦。領導的批示要按照要求的范圍傳達，不得擅自擴大。傳閱時，先由主要領導或主管領導確定傳閱范圍，再由經管人員按照范圍進行傳閱。查閱、借閱涉密文件要辦理相關手續，在規定的場所和時間內進行。如需摘錄、引用、匯編涉密文件內容，必須經過批準并履行審批手續。攜帶涉密文件外出，要按密級確定權限審批，并采取相應保護措施。
復制、摘抄、匯編環節
絕密級文件，非經原確定密級的機關單位或者上級機關批準，不得復制和摘抄。復制、復印、摘抄、匯編機密級和秘密級文件，必須經過批準并履行審批手續。復印、復制本機關本單位產生的密件，應當經本機關本單位主管領導批準；復印、復制上級機關下發或其他機關單位制發的密件，應當經制發機關批準。復印、復制件須編制序號，控制發放范圍，采取與原件同樣的保密管理措施。涉密文件未經批準不得擅自匯編，匯編的密件，屬于本機關本單位產生的，必須經單位主管領導批準；屬于上級機關下發或者其他單位產生的，必須經發文機關單位同意。收錄匯編的密件，應當分別標明原有密級和保密期限，匯編本封面應當按照收錄密件的密級和最長保密期限標注。密件匯編應當按照其中密級的文件所限定的范圍發放，不能擅自擴大范圍。
保存環節
涉密文件應當存放在符合保密規定和標準的場所、設備中，如保密室、保密文件柜等。工作人員離開辦公場所時，應當將涉密文件存放在保密文件柜中。對于絕密級文件，要實行專人保管、專冊登記、專柜存放。定期對涉密文件進行清查、核對，確保文件的和完整性。銷毀環節
涉密文件使用完畢或不再需要保存時，應當及時銷毀。銷毀涉密文件必須履行清點、登記手續，并報單位主管領導批準。可以自行銷毀少量涉密文件的，應當2人以上相互監督；送外銷毀的，必須送專門的銷毀機構或保密行政管理部門指定的承銷單位銷毀，并由2人以上押運和監銷。銷毀時應當使用符合國家標準的銷毀設備和方法，確保信息無法還原。嚴禁將涉密文件作為廢品出售。