工程領域常見的銀行保函主要有投標保函、履約保函、預付款保函、質量保函、農民工工資支付保函這幾類，其收費差異源于自身風險高低、有效期長短等特性，具體收費標準差異如下：
投標保函
該類保函僅擔保投標人遵守投標規則，不涉及大額工程履約，風險，收費也。費率通常為保函金額的 0.1%-0.5%，且多數銀行設有每筆 500 - 1500 元的收費限制。由于投標有效期短（多在投標截止后 30 - 180 天），收費模式靈活，部分銀行還會按季度以擔保金額 0.2% 左右的標準收費。另外投標保證金金額一般有上限規定（如不超過 80 萬），所以其最終費用通常不高。
履約保函
它擔保承包商履行工程合同，涵蓋工期、質量等核心義務，風險中等偏高，收費顯著高于投標保函。費率普遍在 0.5%-2%，部分銀行針對工程類履約保函設置 15000 元 / 份的收費標準。其收費和期限關聯緊密，因期限需匹配工程工期，動輒 1 - 5 年，期限越長費率會相應上浮，比如 1 年期費率 1% 左右，3 年期可能達 1.8% 以上。
預付款保函
該保函用于擔保承包商不挪用工程預付款，風險程度和履約保函接近，收費標準也與之相近，費率通常在 1%-3%，一般設置 300 元的手續費門檻。其費用還會隨預付款金額變化，因為預付款金額越高，銀行面臨的資金損失風險越大，對應的保函收費也會同步增加。
質量保函（質保保函）
其擔保工程質保期內的質量維修責任，風險取決于工程類型和質量要求，收費略低于履約保函。常規項目費率約 1.5%，對質量要求高的化工、橋梁等項目，費率可能接近 3%。該類保函設有 15000 元左右的單筆收費，且質保期是關鍵影響因素，如 1 年質保期費率 1.5%，3 年質保期費率可能升至 2.5%。
農民工工資支付保函
受政策強制要求影響，其收費相對穩定，費率通常在 0.5%-1.5%。因涉及農民工權益，銀行對風險把控較嚴，若企業過往有拖欠工資記錄，費率可能上浮 0.2%-0.5%。部分銀行為響應保障農民工權益的政策，對合規經營的優質建筑企業會給予小幅費率優惠，且該類保函收費多在 1000 - 3000 元 / 筆。