當導熱油鍋爐系統運行很長時間后，導熱油的粘度、閃點、殘碳、酸值會超標，直接影響系統的正常運行，此時就應該及時清洗確保。常用的清洗方法有三種：
在線清洗(清洗劑為有機清洗劑)：此清洗方法是把清洗劑混入系統中，進行緩慢清洗，周期較長，一般是三個月以上，優點是不停工清洗，缺點是清洗下來的殘碳仍隨油品流動，不能從系統去除，時間一久就又沉積在管線設備表面，這種清洗方法適用于短期因生產任務緊張不能停工的情況下使用。
溶劑清洗(清洗劑為溶劑清洗劑)：此種清洗方法目前是國內外廣泛使用的，而且可靠。這種清洗劑是一種滲透性極強的有機物，油溶性強，能有效清除系統中的油泥、殘碳，清洗時間短，而且不需要升溫處理，直接加入系統循環幾個小時就可隨油一起排放，環保無風險。
水基清洗(清洗劑為有機清洗劑)：此類清洗劑需要在導熱油鍋爐整個系統發生嚴重積碳時使用，其使用方法是把系統導熱油排出后，加入有機清洗劑，再加入工業水，啟動循環泵，點燃鍋爐升至一定溫度，時間比較長，一般24-48小時左右。該清洗的優點是能把系統的油泥、殘碳包括碳化的石墨碳清除，缺點是清洗的廢水處理比較麻煩，同時，當再次開動系統升溫時，因有大量水分存在，升溫時間較長，生產成本上升。