按貨架高度分類
根據貨架高度不同，細分為高層立體倉庫（15米以上）、中層立體倉庫（5～15米）及低層立體倉庫（5米以下）等。 由于高層立體倉庫造價過高，對機械裝備要求特殊、且安裝難度較大，因而相對建造較少；底層立體倉庫主要用于老庫改造，是提高老庫技術水平和庫容的可行之路；較多的是中層立體倉庫。
2、按貨架構造分類：分為單元貨格式立體倉庫、貫通式立體倉庫、自動化柜式立體倉庫、條型貨架立體倉庫
3、按建筑物構造分類：分為一體型立體倉庫、分離型立體倉庫
4、按立體倉庫裝取貨物機械種類分類：分為貨架叉車立體庫、巷道堆垛機立體庫