北京大學腫瘤醫院胃腸腫瘤中心二病區擁有的胃腸腫瘤診療和研究團隊，比肩國際胃腸診療中心。共開放床位29張，專長于進展期胃腸腫瘤的手術和綜合、早期胃癌的保留功能手術、低位直腸保肛手術等。主治病種包括胃癌、結直腸癌、胃腸道間質瘤和其他少見胃腸道腫瘤。在多學科討論的基礎上，為每一位患者制定和實施為合理的診療規劃。在中心主任季加孚院長的直接領導下，科室秉承北京大學腫瘤醫院的優良傳統，追求，不斷進步，在臨床、科研、教學等各方面均取得了令人欣喜的成果，保持穩健、嚴謹工作作風的同時，走上了高速發展的快車道。科室人員結構：1、人員構成：主任醫師3人，副主任醫師6人，主治醫師7人，住院醫師2人，護理人員17人。2. 科室主要領導：胃腸腫瘤中心主任季加孚，科主任步召德，護士長趙旻。
科室特色包括：微創手術、外科、疑難手術、功能保留手術、快速康復、病人全程管理。
北京大學腫瘤醫院黑色素瘤與肉瘤內科，始建于2005年，通過十余年的快速發展，科室具有強大的醫療科研團隊，開設本院、南院共兩個病區，以及臨床轉化實驗室。年門診量30000余人次，收治患者8000余人次。全科在編醫生10名，研究人員2名, 合同醫生1名，在編均為博士學位,其中主任醫師4名，副主任醫師4名，研究員1名，副研究員1名。學科帶頭人郭軍主任，任Melanoma World Society (MWS) 副主席及中國臨床腫瘤學會(CSCO)副理事長兼秘書長等職務。科室多人數次獲得，市級人才培養計劃。近年留學回國青年醫師7人，與多家國際黑色素中心建立良好合作。
北京大學腫瘤醫院放療科始建于1976年，同年，我國臺直線加速器在這里自主研制成功。
放療科2000年即在國內較早開始開展三維立體定向適形放療， 2004年在北京市率先開展三維適形動態調強放射，迄今采用調強放療技術患者超過13000例，并取得良好的療效。2008年放療科引進了具有功能的后裝機、大孔徑CT定位機和20套先進的計劃系統， 2009年國內臺VMAT在我放療投入使用;2011年國內臺True Beam投入使用;2012年引進國內首套大孔徑核磁定位系統放射，在放療設備的配置方面達到了國際先進水平。
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