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北京兒童醫院共有在職職工2105人，其中醫生597人，護士927人，醫技279人。正高級職稱138人，副高級職稱168人，中級職稱570人。醫院擁有中國現代兒科醫學奠基人諸福棠、小兒白血病專業學科帶頭人胡亞美、中國小兒外科創始人之一張金哲等國內兒科界僅有的三位院士，以及突出貢獻專家9人，享受政府特殊津貼人員31人，先后有38人次入選“十百千”人才資助。
北京兒童醫院積極發揮學科作用，領航兒科行業發展。2013年牽頭組建北京兒童醫院集團，創新“病人不動、醫生移動”的模式服務全國患兒，目前集團成員已達15家。醫院不僅在國內享有很高的聲譽，而且在國際兒科界也有廣泛影響，與美國、俄羅斯、加拿大、意大利、澳大利亞、瑞典、德國、法國、日本、新加坡和捷克等國的兒童醫療機構建立了良好的關系和廣泛的合作。
尿道下裂是小兒泌尿生殖系統常見的畸形之一，占北京兒童醫院泌尿外科病房收治病人數量的1/3～1/2，每年住院手術1000人次以上，還不包括幾位知名專家外出會診手術的例數。北京兒童醫院泌尿外科團隊經過近50年、幾代人努力，在尿道下裂上積累了豐富經驗，在國內水平。是國內收治病人數量多的科室，尤其重度尿道下裂病例占很大比例。
