工程保函是依據商務合同開出的，但又不依附于商務合同，是具有獨立法律效力的法律文件。當受益人在保函項下合理索賠時，擔保人就必須承擔付款責任，而不論申請人是否同意付款，也不管合同履行的實際事實，即保函是獨立的承諾并且基本上是單證化的交易業務。
預付款保函
預付款保函試用范圍：
預付款保函在國際承包業務中使用時，是由承包人通過銀行向業主提供。保證書規定，如申請人不履行他與受益人訂立的合同義務，不降受益人預付、支付的退還或還款給受益人，則由銀行向受益人退還該款項。
預付款保函的作用：
預付款保函既可以有效保障發包方合法權益，又可對承包方提高資本有機工程形成一種激勵機制，促使承包方合理配置資金，立足長遠，增強企業活力。防止承包方在收到業主的預付款后將款項挪作他用貨幣宣布破產等。
保函是銀行、保險公司、擔保公司或個人應申請人的請求，向第三方開立的一種書面信用擔保憑證。在建筑工程領域，保函主要有投標保函、履約保函、預付款保函、付款保函。下面對保函業務相關知識及問題和建議進行探討和分析。
一、辦理工程保函存在的主要問題
1.在投標或簽訂合同時不被重視，也就是保函的可實施性不被重視。保函作為擔保的一種，其主要功能是保障受益人在對方違約情況下的權益，承包方一旦違約，業主可以以開具的保函索賠，從承包方銀行賬戶上把資金劃走。
2.在投標或簽訂合同時沒有考慮辦理保函的成本和風險。目前業主要求提供的工程保函大部分是銀行為擔保人的銀行保函，企業向銀行提出申請辦理銀行保函需要交納一定比例的保證金，這部分保證金只有在銀行保函退還給銀行以后才能使用，這無形當中影響了企業的現金流量，增加了支付風險，同時企業的機會成本增大；銀行保函與銀行商業信用相關聯，一旦違約，將會損害到企業的銀行信用，從而影響到其后續的融資、經營等經濟活動，這樣就會產生與損害建筑市場信用類似的后果。
3.在簽訂合同時沒有規范保函的內容。工程雙方應該在合同招投標階段即約定好擔保書的格式、內容等，特別是索賠程序和保函有效期約定。在招投標階段即開始規范保函可以使投標人提前對保函能否響應進行自我評估，合同簽訂后，雙方不得再對其做實質性的更改。堅決避免合同談判時甚至合同簽訂后才討論擔保的事宜。
4.在簽訂合同時合同條款不對等。承包方在提供工程履約保函給業主時，業主也應該相應地提供給承包方付款保函，目前國內簽訂的工程合同大部分只約定了承包方需向業主提供履約保函，而沒有約定業主需向承包方提供付款保函。
招標人為避免投標人在評標過程中改標、撤標，或中標后拒簽合同而給自身造成損失，通常都要求投標人繳納投標保證金，以制約對方行為。投標保函是現金保證金的一種良好的替代形式。
投標保函，是指在招投標中，招標人為保證投標人不得撤銷投標文件、中標后不得無正當理由不與招標人訂立合同等。要求投標人在遞交投標文件時一并提交的由銀行出具的書面擔保。
概括講，投標保函的主要目的就是為了為保證投標人權益。
投標人遞交了投標保函，在投標中，就得按照規定履行招標文件里的義務：包括在標書規定的期限內，投標人投標后，不得中途撤標、不得修改原報價；投標人中標后，必須與招標人簽訂合同，并在規定的時間內提供銀行的履約保函。
若是投標人未按照要求履行上述義務，則提供擔保的銀行在受益人提出索賠時，須按照保函規定履行賠償義務。